STAI Muhammadiyah Blora (STAIM) berdiri sejak tahun1987 dengan Surat Keputusan Koordinator Kopertais Wil X Jawa Tengah tanggal 10 Agustus 1987 No.4/198 dengan nama Institut Agama Islam Muhammadiyah (IAIM). IAIM Blora membuka 2 fakultas, yaitu: Fakultas Tarbiyah Jurusan Pendidikan Agama Islam dan Fakultas Syari’ah Jurusan Peradilan Agama. Selanjutnya karena dinamisasi institusi IAIM berubah menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah (STIT) Muhammadiyah Blora berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama No.63 tahun 1991 Tanggal 23 April 1991 dengan Jurusan Pendidikan Agama Islam. Berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Binbaga Islam, No.E/332/1998 STIT Muhammadiyah Blora berubah menjadi STAI Muhammadiyah Blora dengan satu program studi Pendidikan Agama Islam. Tahun 2015 dibuka program studi baru yaitu Prodi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidayiyah dan Prodi Pendidikan Anak Usia Dini.
